アプローチ・応募 応募方法
就職情報サイトと会社のサイト、どちらでエントリーすべきでしょうか。
特に会社の指定がない場合は、どちらからエントリーしても問題ないでしょう。有利不利はありません。
インターネットではなく大学就職部の窓口からという場合は別ですが・・・。

最近は就職情報サイト一本に窓口を絞る傾向もあります。就職情報サイトからエントリーすると、企業には応募者の情報をコンピュータ上で管理できるメリットがあるからです。

複数の窓口から何度もエントリーすることは意味がありません。
どの企業も応募は一度きりというルールがありますので、一番早くエントリーしたものが取られるはずです。